Se avete in programma di utilizzare lo shinkansen, il treno ad alta velocità, nella quasi totalità dei casi vi conviene. Tenete presente che un viaggio in shinkansen da Tokyo a Kyoto costa circa 14.000 yen solo andata, quindi già che fate andata e ritorno spendereste 28.000 che è praticamente il prezzo di un JR Rail Pass per 7 giorni. In aggiunta con il rail pass avete le linee normali JR (quindi una buona percentuale dei mezzi pubblici giapponesi) gratis e infiniti shinkansen (tranne Nozomi e Mizuho).